พระคุณเจ้าฟรังซิสเซเวียร์ สงวน สุวรรณศรี มรณภาพที่โรงพยาบาลเซนต์หลุยส์ กรุงเทพฯ ในวันที่ 24 กรกฎาคม ค.ศ. 1983 เวลา 20.10 น. สิริอายุ 74 ปี

พินัยกรรมของท่านตอนหนึ่งระบุว่า "งานศพของท่านอย่าได้หรูหราใหญ่โต ดอกไม้-พวงหรีด เทียน ให้ใช้แต่น้อย..." และ "...ข้าพเจ้ากราบขอโทษทุกคน ที่ข้าพเจ้าได้ทำผิด หรือคิดว่าข้าพเจ้า ทำผิด และกรุณาสวดอุทิศให้ข้าพเจ้าบ้าง" ตลอดจนความศรัทธาของท่านต่อแม่พระ ท่านสั่งไว้ว่าขอให้เอารูปแม่พระตั้งไว้ที่ศพ แทนรูปของท่านเอง